Катастрофическое начало войны против нацистской Германии в 1941 году шокировало советское общество. Предполагалось, что Красная армия без труда остановит и отбросит врага на его территорию. Вместо этого она понесла тяжелые поражения и неуклонно откатывалась на восток.
Кто-то должен был ответить за провалы, и в Вооруженных силах страны немедленно началась «охота на ведьм». Целый ряд советских военачальников арестовали и расстреляли по обвинениям в «трусости», «паникерстве» и «самовольном оставлении стратегических пунктов без разрешения командования».
Наибольший удар был нанесен по командованию Западного фронта, разгромленного в ходе Белостокско-Минского сражения в июне-июле 1941 года. Командующий фронтом, начальник штаба, начальник связи, начальник артиллерии, командующий ВВС фронта и ряд других военачальников были казнены.
Репрессировали генералов не только из-за поражений на фронте. Дела об участии того или иного военачальника в «антисоветском заговоре» инициировали еще до начала войны, а смертные приговоры им выносили, когда она была уже в самом разгаре.
Подавляющая часть репрессий в отношении высшего командного состава пришлась на самое тяжелое для СССР время — 1941 и 1942 годы. После смерти Сталина всех расстрелянных военачальников реабилитировали.
Начальник штаба Северо-Западного фронта (до войны – Северо-Западного особого военного округа) генерал-лейтенант Петр Кленов был арестован после провальной попытки советских войск сдержать прорыв вермахта в Прибалтике в начале войны. Его обвинили в участии в «правотроцкистской организации» и «проявлении бездеятельности в руководстве войсками округа». 23 февраля 1942 года военачальника расстреляли.
После разгрома основных сил Западного фронта в сражениях под Минском и Белостоком летом 1941 года командующего фронтом генерала армии Дмитрия Павлова и ряд подчиненных ему военачальников арестовали по обвинению в «трусости, самовольном оставлении стратегических пунктов без разрешения высшего командования, развале управления войсками, бездействии власти».
22 июля 1941 года Павлова расстреляли вместе с его начальником штаба генерал-майором Владимиром Климовских, начальником связи фронта генерал-майором войск связи Андреем Григорьевым, а также командующим 4-й армией Александром Коробковым.
Начальника артиллерии Западного фронта (до войны – Западного особого военного округа) генерал-лейтенанта Николая Клича обвинили в «преступной бездеятельности и халатности, в результате которой артиллерия округа была не подготовлена к боевым действиям и в первые дни войны большая часть артиллерии Западного фронта и боеприпасов попала к противнику». 16 октября 1941 года его расстреляли.
После самоубийства в первый день войны 22 июня 1941 года командующего ВВС Западного фронта генерал-майора Ивана Копца должность занял его заместитель генерал-майор авиации Андрей Таюрский. Однако уже 2 июля его отстранили и обвинили в бездеятельности, в результате которой вверенные ему войска понесли большие потери в людях и материальной части. 23 февраля 1942 года Таюрского расстреляли.
Командира 118-й дивизии генерал-майора Николая Гловацкого обвинили в том, что в ходе боев за Псков в июле 1941 года он без письменного приказа командира 41-го стрелкового корпуса генерал-майора Ивана Кособуцкого увел войска на другой берег реки Великой. Гловацкий утверждал, что имел на это устный приказ, однако Кособуцкий этот факт не подтвердил. 3 августа того же года военачальника расстреляли.
В начале 1941 года генерал-майор авиации, летчик-испытатель Александр Филин выступил с резкой критикой руководства советской авиационной промышленности, что в конечном итоге закончилось для него арестом 23 мая того же года. Его обвинили во «вредительстве» и в «антисоветской агитации и пропаганде». 23 февраля 1942 года Филин был расстрелян.
В первые дни войны 14-й механизированный корпус вел бои в районе Бреста и Кобрина и понес большие потери в людях и технике. 8 июля командира генерал-майора Степана Оборина арестовали. «За преступно халатное отношение к служебным обязанностям, повлекшее уничтожение личного состава и имущества» военачальника приговорили к высшей мере наказания и расстреляли 16 октября 1941 года.
Доцент Артиллерийской академии им. Ф. Э. Дзержинского генерал-майор Макарий Петров был арестован 30 июня 1941 года как «антисоветчик» и «участник антисоветского военного заговора». 13 февраля 1942 года его приговорили к расстрелу, и спустя десять дней приговор был приведен в исполнение.
Заместителя начальника штаба ВВС РККА генерал-майора авиации Павла Юсупова арестовали 17 июня 1941 года, всего за пять дней до начала войны против нацистской Германии. Его обвинили в участии в антисоветском заговоре и расстреляли 23 февраля 1942 года.